سلولهای سوختی بسیار کمتر از سوختهای فسیلی باعث آلودگی هوا میشوند، چون تنها خروجی آنها آب خالص است (درصورتیکه از متانول به عنوان سوخت استفاده شود، آلایندههای خروجی مقدار بسیار ناچیزی منوکسیدکربن و اکسیدهای نیتروژن هستند که در حین تبدیل سوخت حاصل میشوند. توضیح اینکه، سلولهای سوختی برحسب نوع شرایط از انواع مختلفی از سوختها مانند گاز طبیعی، سوختهای مایع و جامد میتوانند استفاده کنند که لازمه آن انجام فرآیندهایی بر روی سوخت است تا هیدروژن آن را جدا کند که این فرآیند مقداری آلاینده تولید میکند).
بازدهی سلولهای سوختی حدود سه برابر موتورهای احتراق داخلی است (بازدهی سلول سوختی 40 تا 60 درصد است. در حالی که بازدهی خودروهای دارای موتور احتراق داخلی، کمتر از 17 درصد است). سلولهای سوختی دارای قسمت یا قسمتهای متحرک نیستند بنابراین به تعمیر یا تعویض قطعات احتیاج ندارند. صدای ناشی از کار سلولهای سوختی بسیار کمتر از صدای موتور خودروهای احتراق داخلی است و احتمال انتقال سلول سوختی از یک خودرو از کار افتاده به خودرو دیگر وجود دارد.
ابعاد استفاده از سلول سوختی بسیار گسترده است، به عنوان مثال میتوان از آنها در زیردریاییها،کشتیها، هواپیماها و انواع و اقسام تجهیزات انرژی بر و تولیدکننده انرژی استفاده کرد که قابلیتی بزرگ و مهم به این فناوری داده است.
مزایای سلولهای سوختی از لحاظ کاربردی عبارتاند از:
بازدهی بالا
سلولهای سوختی از قوانین حاکم بر ماشینهای گرمایی تبعیت نمیکنند، ازاینرو بازدهی آنها به سه برابر ماشینهای گرمایی میرسد. براساس نوع و طراحی، بازدهی الکتریکی سلولهای سوختی حدود 40 تا 60 درصد (براساس کمترین ارزش گرمایی LHV) است. بازدهی سلولهای سوختی ثابت و مستقل از اندازه آنها است. وقتی که از گرمای خروجی آنها نیز استفاده شود بازدهی تقریباً 85 درصد میشود.
تنظیم سیستم برحسب نیاز
سلولهای سوختی بسیار انعطافپذیر هستند یعنی میتوان در هر لحظه یک یا چند توده سلول را به کار گرفت و یا از کار انداخت. توان خروجی آنها بسیار متغیر است (گسترده توان خروجی از 100 مگاوات برای سوخت زغالسنگ تا بیش از 500 مگاوات برای سوخت گاز طبیعی در تغییر است) ارزش تمام شده توده سلول به ازای هر کیلووات برای یک نیروگاه بزرگ و یا کوچک یکسان است، چرا که بازدهی الکتریکی بهطور منفرد محاسبه میشود و تعداد سلولها روی بازدهی کلی کم اثر است.
سازگاری با قوانین زیستمحیطی
سلولهای سوختی دارای بازدهی بالا میباشند و در هر توان خروجی، دیاکسید کربن تولید شده کم است. مقدار اکسیـد گوگرد تولید شده 3-10×36/1 کیلوگرم بر مگاوات - ساعت است و مقدار اکسیدهای نیتروژن نیز در نمودار زیر مشخص است که از سیستمهای دیگر آلایندگی کمتری دارد.